แรกเริ่มดำเนินการก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๖ โรงเรียนอนุบาลญัณญาร์ เกิดจากเจตนารมณ์ ของ นายศราวุธ อับดุลกอเดร์ ยานยา โดยได้อาศัยการเก็บเกี่ยวประสบการณ์จากการทำงานด้านการเป็นครูของตนประกอบกับประสบการณ์ด้านการบริหารการศึกษา และตระหนักถึงความสำคัญของเด็กและเยาวชนอันเกี่ยวเนื่องกับการศึกษามาโดยตลอดจึงได้เกิดมีแนวความคิดที่จะก่อตั้งโรงเรียนเพื่อพัฒนาสติปัญญา อารมณ์ ร่างกาย จิตใจ และความสำคัญของการอยู่ร่วมกันของเด็กและเยาวชนในสังคมได้อย่างมีความสุข โรงเรียนอนุบาลญัณญาร์ตั้งอยู่ ณ เลขที่ ๕๑/๗ หมู่ที่ ๔ ตำบลสะเตงนอก อำเภอเมือง จังหวัดยะลา บนเนื้อที่ ๑ ไร่มีอาคารเรียนซึ่งเป็นอาคารไม้จำนวน ๑ หลังประกอบด้วย ห้องเรียน ๓ ห้อง ( ได้ดัดแปลงเป็นห้องครัวและโรงอาหารชั่วคราว ๑ ห้อง ) ห้อง พักครู ๑ ห้อง , ห้องพัสดุ ๑ ห้อง, ห้องน้ำ ๔ ห้อง ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับใบอนุญาตจัดตั้งให้เป็นโรงเรียนโดยมี นาย ศราวุธ อับดุลกอเดร์ ยานยา เป็นผู้รับใบอนุญาตและ ประกอบด้วยนักเรียนชั้นอนุบาล ๑ จำนวน ๒๗ คน บุคลากรครู ๑ คน คือ นางสาวมุสรีฟะห์ ตูแวกะจิ ต่อมาเด็กนักเรียนส่วนหนึ่งได้ย้ายตามผู้ปกครองออกนอกพื้นที่ ประกอบกับปัญหาความไม่สงบทำให้เด็กนักเรียนลดจำนวนลง ในปี พ.ศ. ๒๕๕๙ ได้ดำเนินการสร้างอาคารเรียนใหม่ ๓ ชั้น ๙ ห้องเรียน ในปี พ.ศ. ๒๕๖๐ ได้ดำเนินการเปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากเดิมเป็น โรงเรียนญัณญาร์วิทย์ เพื่อรองรับการขยายหลักสูตรระดับประถมศึกษาและระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และในปี พ.ศ. ๒๕๖๕ ได้ดำเนินสร้างอาคารเรียนใหม่ ๒ ชั้น ๔ ห้องเรียน และดำเนินการขยายหลักสูตรระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย
ปัจจุบัน โรงเรียนญัณญาร์วิทย์เป็นโรงเรียนที่เปิดสอนตั้งแต่ระดับบริบาล อนุบาล ประถมศึกษา และมัธยมศึกษาในตำบลสะเตงนอก อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา สังกัดสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดยะลา ตั้งอยู่เลขที่ ๕๑/๑๖ หมู่ที่ ๔ ตำบลสะเตงนอก อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา โดยใช้หลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ และหลักสูตรอิสลามศึกษาพุทธศักราช ๒๕๔๖ (ฉบับปรับปรุง ๒๕๕๕) ในการจัดการเรียนการสอนที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ มีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น ๔๙๗ คน ผู้บริหาร ๓ คน บุคลากรครู ๓๕ คนเจ้าหน้าที่ธุรการ-การเงิน ๑ คน นักการภารโรง ๑ คน ผู้ช่วยแม่ครัว ๒ คน มีรถรับส่งนักเรียนจำนวน ๙ คัน และโรงเรียนยังคงได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องไม่ว่าจะเป็นด้านสิ่งแวดล้อม สภาพของโรงเรียน การจัดการการเรียนการสอนที่มุ่งเน้นสู่คุณภาพ ทั้งนี้โรงเรียนญัณญาร์วิทย์ ได้คัดเลือกบุคลากรครูที่มีความรู้ความสามารถ เพื่อพัฒนาผู้เรียนให้มีผลสัมฤทธิ์สู่มาตรฐานสากล
นอกจากนี้โรงเรียนได้มีการปรับปรุงระบบการบริหาร การจัดการเรียนการสอน ตลอดจนกิจกรรมต่างๆ ที่เป็นการเสริมหลักสูตรและพัฒนาการเรียนการสอนให้เหมาะสมและสอดคล้องกับพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ แผนการศึกษาแห่งชาติ นโยบายกระทรวงศึกษาธิการ นโยบายสำนักงานการศึกษาเอกชน สภาพภูมิประเทศ และสิ่งแวดล้อมของโรงเรียน มีกลไกในการจัดการเรียนการสอนให้นักเรียนจบหลักสูตรอย่างมีคุณภาพและสอดคล้องกับวิสัยทัศน์ พันธกิจ และค่านิยมของโรงเรียน วิสัยทัศน์ (Vision) คือ โรงเรียนญัณญาร์วิทย์ เป็นโรงเรียนทางเลือกชั้นนำมีคุณภาพ ส่งเสริมพัฒนาครูสู่มืออาชีพ มีระบบดูแลที่ดี และส่งเสริมพัฒนาศักยภาพด้านวิชาการของผู้เรียนเป็นไปตามวัยเรียนรู้ประสบการณ์จริงมุ่งเน้นด้านภาษาท่องจำอัลกุรอาน ก้าวทันเทคโนโลยี มีคุณธรรมจริยธรรมตามวิถีอิสลาม อยู่ในสังคมอย่างมีความสุข พันธกิจ (Mission) คือ ๑) ส่งเสริมครูและบุคลากรทางการศึกษาให้มีความรู้ ความสามารถ มีคุณภาพตามมาตรฐานวิชาชีพ ๒) ส่งเสริมและพัฒนาผู้เรียนมีคุณธรรมจริยธรรม ตามหลักศาสนาอิสลาม ๓) ส่งเสริมและสนับสนุนการเรียนรู้จากประสบการณ์จริง ทำให้โรงเรียนประสบผลสำเร็จทั้งในด้านการบริหาร การดำเนินงานด้านการจัดการเรียนการสอน และสร้างผู้เรียนให้เป็นผู้ที่มีทักษะในศตวรรษที่ ๒๑