โรงเรียนญัณญาร์วิทย์เป็นโรงเรียนทางเลือกชั้นนำ มีคุณภาพ ส่งเสริมพัฒนาครูสู่มืออาชีพ มีระบบดูแลที่ดีและส่งเสริมพัฒนาศักยภาพด้านวิชาการของผู้เรียนเป็นไปตามวัย เรียนรู้ประสบการณ์จริง มุ่งเน้นด้านภาษา ท่องจำอัลกุรอาน ก้าวทันเทคโนโลยี มีคุณธรรมจริยธรรมตามวิถีอิสลาม อยู่ในสังคมอย่างมีความสุข

๑. ส่งเสริมครูและบุคลากรทางการศึกษาให้มีความรู้ ความสามารถ มีคุณภาพตามมาตรฐานวิชาชีพ

๒. ส่งเสริมและพัฒนาผู้เรียนมีคุณธรรม จริยธรรม ตามหลักศาสนาอิสลาม

๓. ส่งเสริมและสนับสนุนการเรียนรู้จากประสบการณ์จริง

อบอุ่น บรรยากาศดี มีความสุข